Op 1 november 1995 werd de American Football Club Nijmegen Pirates opgericht door de toen aanwezige leden. In 1996 kwam de club officieel in de boeken te staan.
Voor die tijd had Nijmegen al eerder kennis kunnen maken met American football. In de periode 1985-1990 bestond de vereniging Nijmegen Centurions, maar deze staakte haar activiteiten bij gebrek aan voldoende actieve spelers. Centurions speelde nooit op het hoogste Nederlandse niveau. Het veld van Centurions lag aan de Staddijk in Nijmegen.
Al vanaf het begin van haar bestaan had de vereniging Nijmegen Pirates voldoende spelende leden om deel te kunnen nemen aan de Nederlandse competitie. Aanvankelijk als lid van de Nederlandse American Football Federatie (NAFF), daarna van 1997 tot 2001 als lid van de American Football League Nederland (AFLN). NAFF en AFLN kwamen echter weer samen en fuseerden in 2001 onder de naam American Football Bond Nederland (AFBN).
Na aanvankelijk op de sportaccommodatie van HSV De Hazenkamp aan de Staddijk gespeeld te hebben, werd Nijmegen Pirates in 2004 onderdeel van omnisportvereniging SV Hatert en werden de verhuisdozen ingepakt en aan de Vossendijk weer uitgepakt.
Het (voorlopige?) sportieve hoogtepunt van Nijmegen Pirates was in het seizoen 2012 toen de club, na jaren in de kelder van de competitie, promotie naar het hoogste Nederlandse niveau veilig stelde. De promotie kreeg extra glans omdat dit voor de ogen van de eigen fans in Nijmegen plaats vond.
In de seizoenen 2013 t/m 2015 speelde Nijmegen Pirates op het hoogste niveau (eredivisie), maar hoger dan een plek in de halve finales van de play-offs om het kampioenschap in 2014 zat er niet in. Aan het einde van het seizoen 2015 was degradatie naar de eerste divisie een feit.